Giải vô địch các CLB châu Á ra đời từ năm 1967 nhưng phải tới năm 2002, nó mới có tên là AFC Champions League để đánh dấu một giai đoạn hoàn toàn mới về quy mô lẫn cách thức tổ chức giải đấu.
HAGL và Bình Định là 2 đội bóng Việt Nam đầu tiên góp mặt ở vòng đấu bảng AFC Champions League mùa giải 2004. HAGL khi đó là đương kim vô địch V-League còn Bình Định là đương kim vô địch Cup Quốc gia. Cả 2 đều có suất tham dự vòng bảng chính thức của giải đấu mà không phải tham gia vòng sơ loại.
HAGL năm 2004 không có đối thủ ở sân chơi quốc nội.
HAGL nằm ở bảng F cùng nhà vô địch Trung Quốc Đại Liên Shide, nhà vô địch Thai League Krung Thai Bank và nhà vô địch giải Indonesia PSM Makassar. Ngay trong trận ra quân, đội bóng của bầu Đức đã vùi dập PSM Makassar 5-1.
Tuy nhiên, hai trận tiếp theo, HAGL thua Đại Liên Shide 0-2 và Krung Thai Bank 0-1. Ở các trận lượt về, đội bóng phố Núi hòa Krung Thai Bank 2-2, thua PSM Makassar 0-3 nhưng lại đánh bại Đại Liên Shide 3-1 để kết thúc vòng đấu bảng với vị trí thứ 2. Tiếc là thời điểm đó, chỉ có đội nhất bảng mới giành quyền đi tiếp và Đại Liên Shide là đội bóng giành được tấm vé này.
Ở bảng G, Bình Định xếp cuối bảng khi chỉ có được 1 trận hòa 1-1 với Persik Kediri (Indonesia) còn lại toàn thua, trong đó có trận thua Yokohama F. Marinos 0-6.
Những gì HAGL làm được ở vòng bảng AFC Champion League năm 2004 cho đến nay vẫn là thành tích tốt nhất của một CLB Việt Nam tại đấu trường danh giá nhất châu lục.
Năm 2005, HAGL và Bình Định vẫn là 2 đại diện của Việt Nam dự AFC Champions League song lần này cả 2 thua thảm. HAGL xếp cuối bảng E với 6 trận toàn thua, ghi được 1 bàn và để thủng lưới 25 bàn. Bình Định xếp cuối G với 1 trận thắng, 1 trận hòa và 4 trận thua, trong đó có trận thua Busan I'Park tới 0-8.
Năm 2006, Đồng Tâm Long An và SHB Đà Nẵng là 2 đại diện của Việt Nam dự vòng bảng AFC Champions League.
Đội bóng sông Hàn xếp cuối bảng E với 6 trận toàn thua, ghi được 1 bàn và để thủng lưới 27 bàn, trong đó có trận thua kỷ lục 0-15 trước Gamba Osaka. Còn Đồng Tâm Long An xếp thứ 2 ở bảng G có 2 đội bỏ cuộc không tham dự. Trong 2 trận lượt đi và về với Thân Hoa Thượng Hải, đại diện của Việt Nam thua 1-3 và 2-4.
SHB Đà Nẵng khiến bóng đá Việt Nam xấu hổ khi để thua 0-15 trước Gamba Osaka ở vòng bảng AFC Champions League năm 2006.
Năm 2007, Đông Tâm Long An là đại diện duy nhất của Việt Nam dự vòng đấu bảng AFC Champions League. Nhà đương kim vô địch V-League lại toàn thua, ghi được 4 bàn, để thủng lưới 18 bàn.
Năm 2008, B.Bình Dương cùng Nam Định góp mặt ở sân chơi châu lục. Đội bóng đất Thủ xếp cuối bảng E với 1 trận hòa và 5 trận thua, ghi được 4 bàn và để thủng lưới 17 bàn. Tương tự, Nam Định xếp cuối bảng F với 1 trận hòa, 5 trận thua, ghi được 4 bàn nhưng để thủng lưới tới 27 bàn.
Kết quả tồi tệ của các đội bóng Việt Nam tại vòng bảng AFC Champions League khiến chúng ta mất luôn suất vào thẳng vòng bảng ở các mùa giải tiếp theo. T
ừ mùa giải 2009 đến nay chỉ có đội bóng vô địch V-League mới được quyền dự AFC Champions League và phải thi đấu vòng sơ loại. Đội vô địch Cup Quốc gia sẽ tham dự AFC Cup. Cũng bởi phải đấu sơ loại mà 10 năm qua, vòng bảng AFC Champions League luôn vắng bóng đại diện của Việt Nam.